Directorio Agrogenómica

Profesores-Investigadores

kanilek@yahoo.com

LÍNEAS DE INVESTIGACIÓN

Fisiología y respuesta molecular de las plantas en condiciones de estrés abiótico.
Epigenómica de la interacción planta-patógeno

FORMACIÓN ACADÉMICA

Doctor en Ciencias, Instituto de Biotecnología – UNAM.
Maestro en Ciencias, Instituto de Biotecnología - UNAM.
Licenciado en Ciencias con especialidad en Biología, Universidad de Colima

PROYECTOS O
PARTICIPACIONES ACTUALES

Búsqueda de genes involucrados en el parasitismo de Ditylenchus dipsaci.
Identificación y caracterización de los mecanismos antioxidantes de la planta de frijol (Phaseolus vulgaris) en condiciones de exceso de NaCl, Zn y Cd.
Evaluación biológica de compuestos sintéticos y naturales contra patógenos de plantas.
Estudio del transcriptoma del oomiceto patógeno Phytophthora capsici en su interacción con diferentes hospederos

PREMIOS Y DISTINCIONES

Socio numerario de la Sociedad Mexicana de Bioquímica
Evaluador de Innovación Tecnológica (CONCYTEG)
Miembro del Sistema Nacional de Evaluación Científica y Tecnológica

ARTÍCULOS PUBLICADOS
RECIENTEMENTE

Vera-Estrella, R., Gómez-Méndez, M.F., Amezcua-Romero, J.C., Barkla, B.J., Rosas-Santiago, P. & Pantoja, O. (2017) Cadmium and zinc activate adaptive mechanisms in Nicotiana tabacum similar to those observed in metal tolerant plants. Planta 246: 433-451. ISSN: 0032-0935 (Print) 1432-2048 (Online).
Amezcua Romero, J.C. y Lara Flores, M. (2017) El zinc en las plantas. Ciencia – Academia Mexicana de Ciencias 68 (3): 28-35. Print ISSN 1405-6550.
Ornelas-Ponce, A., Amezcua-Romero, J.C., Acosta-Torres, L.S. & García-Contreras, R. (2016) Effects of TiO2 NPs Coating-Titanium for Fibroblast Adhesion. Int J Odontostomat 10(2): 237-242. Impresa ISSN 0718-3801; Online ISSN 0718-381X.
Amezcua Romero, J.C., Jaramillo Vivas, C. y Suárez Paniagua, S. (2012) Cuestiones sociales y éticas de la agrobiotecnología: una mirada al estado de Guanajuato. Ide@s CONCYTEG, 7 (84): 775-810. Online ISSN:2007-2716.
Vera-Estrella, R., Barkla, B.J., Amezcua-Romero, J.C. & Pantoja, O. (2012) Day/night regulation of aquaporins during the CAM cycle in Mesembryanthemum crystallinum. Plant Cell Environ 35 (3): 485–655. Print ISSN: 0140-7791; Online ISSN: 1365-3040

manoj@enes.unam.mx

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LÍNEAS DE INVESTIGACIÓN

Comprender los componentes moleculares conservados para la simbiosis micorrízica y los patógenos fúngicos de la raíz en Lotus japonicas..
Disección genética de las redes de señalización que rigen la simbiosis leguminosa-Rhizobium.

FORMACIÓN ACADÉMICA

Post doctorado, Instituto de Biotecnología - UNAM
Post doctorado, Centro de Ciencias Genómicas - UNAM
Doctorado en Biotecnología, Universidad Kuvempu
Maestría en Botánica (especialización en Citogenética), Universidad Bangalore
Licenciatura en Ciencias de la Vida, Universidad Sri Venkateswara

PROYECTOS O
PARTICIPACIONES ACTUALES

Secuenciación de ARN monocatenario (unicelular) del estudio de la señalización simbiótica temprana en Lotus japonicus.
Estudio del papel de los genes sensores de carbón y nitrógeno durante la nodulación y la mycorrhización en Phaseolus vulgaris.
Participación de la familia génica cysteine-rich receptor-like kinase (CRKs) de Phaseolus vulgaris en el proceso de micorrización.
Aproximación transcriptómica para la identificación y el estudio funcional de nuevos genes implicados en el desarrollo de la simbiosis entre mycorrhiza y frijol.

PREMIOS Y DISTINCIONES

Investigador Nacional Nivel I, CONACYT

ARTÍCULOS PUBLICADOS
RECIENTEMENTE

Manoj-Kumar Arthikala, Kalpana Nanjareddy, Miguel Lara (2018). In BPS1 downregulated roots, the BYPASS1 signal disrupts the induction of cortical cell divisions in bean-Rhizobium symbiosis. Genes 9(1): 11. doi:10.3390/genes9010011
Manoj-Kumar Arthikala, Jesús Montiel, Rosana Sánchez-López, Noreide Nava, Luis Cárdenas, and Carmen Quinto (2017). Respiratory burst oxidase homolog gene A is crucial for Rhizobium infection, nodule maturation and functioning in common bean. Frontiers in Plant Science 8:2003. doi: 10.3389/fpls.2017.02003
Kalpana Nanjareddy, Manoj-Kumar Arthikala*, Brenda-Mariana Gómez, Lourdes Blanco, Miguel Lara (2017). Differentially expressed genes in mycorrhized and nodulated roots of common bean are associated with defense, cell wall architecture, N metabolism, and P metabolism. PLoS ONE 12(8): e0182328. doi.org/10.1371/journal.pone.0182328
Kalpana Nanjareddy, Lourdes Blanco, Manoj-Kumar Arthikala, Xochitl Alvarado Affantrange, Federico Sánchez, Carmen Quinto and Miguel Lara (2016). A Legume TOR Protein Kinase Regulates Rhizobium Symbiosis and Is Essential for Infection and Nodule Development. Plant Physiology. 172(3): 2002-2020. DOI:10.1104/pp.16.00844
Georgina Estrada-Navarrete, Neftaly Cruz-Mireles, Ramiro Lascano, Xóchitl Alvarado-Affantranger, Alejandra Hernández, Aarón Barraza, Juan E. Olivares, Manoj-Kumar Arthikala, Luis Cárdenas, Carmen Quinto and Federico Sanchez (2016). An autophagy-related kinase is essential for the symbiotic relationship between Phaseolus vulgaris and both rhizobia and arbuscular mycorrhizal fungi. The Plant Cell. 28: 2326–2341. DOI:10.1105/tpc.15.01012

ahernandez@enes.unam.mx

LÍNEAS DE INVESTIGACIÓN

Análisis de diferenciación genómica entre poblaciones de la polilla de la papa Phtorimaea operculella en ajo y otros cultivos.
Metagenómica y diversidad de simbiontes bacterianos en raíces de maíz, chile y tomate y sus parientes silvestres.
Genómica de la adaptación de insectos hervíboros a distintos hospederos, implicaciones poblacionales y evolutivas.

TRAYECTORIA ACADÉMICA

Posgrado en Ciencias, Imperial College London
Licenciatura en Biología, Facultad de Ciencias - UNAM

PROYECTOS O
PARTICIPACIONES ACTUALES

Microbioma de maíz: efecto de la domesticación y mejoramiento del maíz sobre sus comunidades microbianas. Participan investigadores de LANGEBIO y CINVESTAV Irapuato.
Microbioma y genómica poblacional de especies de cicadas de zonas áridas. En colaboración con el Instituto de Ecología UNAM y la Universidad de Chiba, Japón.
Genética de poblaciones de insectos invasivos: orígenes y rutas de invasión en Japón. En colaboración con la Universidad de Kioto, Japón.

PREMIOS Y DISTINCIONES

Posición de investigador LANGEBIO 2014.
Beca como académico visitante en la Universidad de Kioto, Japón 2013.

ARTÍCULOS PUBLICADOS
RECIENTEMENTE

Salinas-Vargas, D., M.T. Santillan-Galicia, A.W. Guzmán-Franco, G. Mora-Aguilera, L. Ortega-Arenas, A. Hernández-López, S. Sánchez-Soto. 2018. Effects of Citrus leprosis virus cytoplasmic type (CiLV-C) on the life history of Brevipalpus yothersi. Journal of Acarology (en prensa).
Salinas-Vargas, D., M.T. Santillán-Galicia, A.W. Guzmán-Franco, A. Hernández-López, L.D. Ortega-Arenas, G. Mora-Aguilera. 2016. Analysis of genetic variation in Brevipalpus yothersi (Acari: Tenuipalpidae) populations from four species of Citrus host plants. PLoS ONE 11(10): e0164552. doi:10.1371/journal.pone.0164552
Perez-González, V.H., A. Guzmán-Franco, A. Alatorre-Rosas, J. Hernádez-López, A. Hernández-López, M. G. Carrillo-Benítez and J. Baverstock. 2014. Specific diversity of the entomopathogenic fungi Beauveria and Metarhizium in Mexican agricultural soils. Journal of Invertebrate Pathology doi: 10.1016/j.jip.2014.04.004.
Hernandez-Lopez, A., O. Chabrol, M. Royer-Carenzi, V. Merhej, P. Pontarotti and D. Raoult. 2013. To tree or not to tree? Genome wide quantification of horizontal gene transfer and reticulation during the diversification of strict intracellular bacteria. Genome Biology and Evolution, doi: 10.1093/gbe/evt178.
Hernandez-Lopez, A., R. Rougerie, S. Augustin, R. Tomov, D.C. Lees, M. Kenis, E. Cota, E. Kullaj, C. Hansson, G. Grabenweger, A. Roques and C. Lopez- Vaamonde. 2012. Host tracking or cryptic adaptation? Phylogeography of Pediobius saulius (Hymenoptera, Eulophidae), a parasitoid of the highly invasive horse- chestnut leafminer. Evolutionary Applications, 5 (3): 256-269.

ilane.hernandez@comunidad.unam.mx

LÍNEAS DE INVESTIGACIÓN

Respuesta inmune innata contra virus en cultivos primarios de células polimorfonucleares humanas.
Desarrollo de herramientas de diagnóstico molecular para detectar enfermedades virales de impacto económico en la producción pecuaria.

FORMACIÓN ACADÉMICA

Candidato a PhD en Inmunología y Microbiología, Universidad Católica de Lovaina
Maestría en Biotecnología Celular y Molecular, Universidad de Wageningen
Médico Veterianario Zootecnista, Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia - UNAM

PROYECTOS O
PARTICIPACIONES ACTUALES

Evaluación de la respuesta inmune innata en cultivos celulares frente a infecciones virales y nanopartículas de interés médico.
Investigación y desarrollo de medicamentos e inmunógenos contra enfermedades virales de los humanos y animales.
Impacto económico de las enfermedades virales en producción pecuaria.

PREMIOS Y DISTINCIONES

Premio al mejor poster en la categoría de estudiantes de doctorado, International Society for Antiviral Research, 2015.
Beca Marie-Curie Initial Training Network FP7, Unión Europea, 2012 - 2015.
Premio Pedro N. Acha a la excelencia en Salud Pública Veterinaria en las Americas, Organización Panamericana de la Salud, 2009.

ARTÍCULOS PUBLICADOS
RECIENTEMENTE

Hernandez-Morales, I. & M. Van Loock (2018). An industry perspective on dengue drug discovery and development. Advances in Experimental Medicine and Biology (Vol. 1062).
Hernandez-Morales, I. et al. (2017). Characterization of a dengue NS4B inhibitor originating from an HCV small molecule library. Antiviral Research, 147.

alerougon@gmail.com

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LÍNEAS DE INVESTIGACIÓN

Genómica de la interacción patógeno-hospedero a través de análisis bioinformáticos y algoritmos de inteligencia artificial.
Búsqueda de genes involucrados en el parasitismo.
Análisis genómicos y transcriptómicos en fitopatógenos.
Búsqueda y transferencia de resistencia a patógenos en cultivos de interés agrícola.

FORMACIÓN ACADÉMICA

Estancia Posdoctoral, LANGEBIO, Cinvestav
Asistente Postdoctoral, The Sainsbury Laboratory, John Innes Centre
Doctorado en Genómica Funcional de las Interacciones Moleculares Planta-Patógeno, The Sainsbury Laboratory - University of East Anglia
Maestría en Biotecnología y Mejoramiento de Cultivos (Distinción) The Sainsbury Laboratory - University of East Anglia
Licenciatura en Biología (Mención honorífica), FES Iztacala - UNAM

PROYECTOS O
PARTICIPACIONES ACTUALES

Responsable de:

Estudios genómicos y funcionales del nemátodo fitopatógeno Ditylenchus dipsaci
Búsqueda de genes involucrados en el parasitismo de Ditylenchus dipsaci.
Desarrollo de un modelo innovador para la enseñanza de las asignaturas relacionadas con bioinformática y análisis genómicos en la carrera de Ciencias Agrogenómicas de la ENES-León
Análisis de microalgas como agente de control biológico en plantas.

Participante en:

Análisis del transcriptoma de la interacción Clavibacter michiganensis y Solanum peruvianum.
Identificación integral de poblaciones de Ditylenchus dipsaci en México.
Evolución adaptativa en ambientes divergentes: organismos zooplanctónicos lacustres como modelo ecogenómico.
Evolución de la tolerancia a la salinidad en copépodos calanoides Leptodiaptomus.

PREMIOS Y DISTINCIONES

SNI Nivel I
2018 Revisora de la revista GENE editorial Elsevier.
2017 Evaluadora Técnica de la Agencia Nacional de Investigación e Innovación de Uruguay.
2016 Revisora de la revista Fitotécnia.
2015 Evaluadora del Premio de Innovación Tecnológica CONCYTEG.

2018 Miembro del Consejo técnico de la ENES León.

2017 Comité de Educación Continua e Innovación.
Responsable de 3 proyectos financiados y participante en 2.
Formación de 2 estudiantes de maestría.
Formación de estudiantes en proceso: 1 de licenciatura, 2 de doctorado y 1 posdoc.
Responsable de proporcionar servicios genómicos dentro de un sistema de gestión de calidad certificado con la ISO 9001:2015.

ARTÍCULOS PUBLICADOS
RECIENTEMENTE

Vallebueno-Estrada M., Rodríguez-Arévalo I., Rougon-Cardoso A., Martínez González J., García Cook A., Montiel R., & Vielle-Calzada J.-P. (2016). The earliest maize from San Marcos Tehuacán is a partial domesticate with genomic evidence of inbreeding. PNAS. https://doi.org/10.1073/pnas.1609701113
Rougon-Cardoso A., Flores-Ponce M., Ramos-Aboites H. E., Martínez-Guerrero C. E., Hao Y.-J., Cunha L., … Montiel R. (2016). The genome, transcriptome, and proteome of the nematode Steinernema carpocapsae: evolutionary signatures of a pathogenic lifestyle. Scientific Reports, 6, 37536. http://dx.doi.org/10.1038/srep37536
Esparza-Araiza M. J., ... Rougon-Cardoso A, and Alpuche-Solís A. G. (2015) Evaluation of a SUMO E2 conjugating enzyme involved in resistance to Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis in Solanum peruvianum, through a tomato mottle virus VIGS assay. Front. Plant. Sci. doi: 10.3389/fpls.2015.01019
Fabro G ,Rougon-Cardoso A, et al. (2011) Multiple candidate effectors from the oomycete pathogen Hyaloperonospora arabidopsidis suppress host plant immunity. PLoS Pathogens Nov;7(11):e1002348 doi:10.1371/journal.ppat.1002348
Baxter L, Rougon-Cardoso A, et al. (2010) Signatures of adaptation to obligate biotrophy in the Hyaloperonospora arabidopsidis genome. Science 330(6010):1549-1551
Lacombe S,* Rougon-Cardoso A,* Sherwood E,* et al. (2010) Inter-family transfer of a plant pattern recognition receptor confers broad-spectrum bacterial resistance. Nature Biotechnology 28:365–369 * first co-author

h.shimada@enes.unam.mx

LÍNEAS DE INVESTIGACIÓN

Desarrollo del discurso científico y papel de la motivación en el aprendizaje.
Evaluación del modelo educativo implementado en la Licenciatura en Ciencias Agrogenómicas.
Estudio sobre estrategias de enseñanza y aprendizaje en Ciencias.

FORMACIÓN ACADÉMICA

Doctorado en Ciencias con especialidad en Biotecnología de Plantas, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del IPN, Unidad Irapuato
Licenciatura en Ciencias con especialidad en Biología Molecular, Massey University

PROYECTOS O
PARTICIPACIONES ACTUALES

Representante institucional del Laboratorio nacional de Plantas en Condiciones Controladas PlanTECC. CINVESTAV – ENES UNAM León – CIATEJ.
Líder institucional del proyecto Conacyt: Conformación del Nodo Binacional de Innovación del Bajío NoBI Bajío.
Responsable del Proyecto PAPIIT titulado: “El desarrollo del discurso científico en estudiantes de licenciatura involucrados en proyectos de investigación” 2015.
Responsable del Proyecto titulado “La implementación de proyectos de investigación en las asignaturas de biología celular y molecular y su efecto en la motivación y aprendizaje de los estudiantes del área de ciencias agrogenómicas”.
Responsable del Proyecto PAPIME titulado: “Desarrollo de proyectos de Investigación por estudiantes de primer y segundo año de la licenciatura en Ciencias Agrogenómicas” 2015.

PREMIOS Y DISTINCIONES

Reconocimiento Sor Juana Inés de la Cruz, UNAM 2018.
Programa de Primas al Desempeño del Personal Académico de Tiempo Completo (PRIDE) C 2017

ARTÍCULOS PUBLICADOS
RECIENTEMENTE

Vega-Arreguín J.C., Shimada-Beltrán, H., Sevillano-Serrano, J. and Peter Moffett (2017). “Non-host plant resistance against Phytophthora capsici is mediated in part by members of the I2 R gene family in Nicotiana spp.”. Frontiers in Plant Science.8:205.doi:10.3389/fpls.2017.00205.
Ramírez Trujillo, A., Suárez Paniagua, S., De la Fuente Hernández, J., Shimada Beltrán, H., Reyes Durán, J.F., y Acosta Torres, L.S.(2015) “Componentes Culturales que Influyen en la Salud Bucal.” Salud (i) Ciencia, 21, 294-300.
Muñoz Mujica, P., Aguilar Diaz, F.C., de la Fuente Hernández, J., Shimada Beltrán, H. y Acosta Torres, L.S. (2015). “Instrumentos validados para medir la salud bucal en los niños” Epidemiología y Salud, 2(3), 19-24.
Uchiyama A*, Shimada-Beltran H*, Levy A*, Zheng JY, Javia PA and Lazarowitz SG (2014) The Arabidopsis synaptotagmin SYTA regulates the cell-to-cell movement of diverse plant viruses. Front. Plant Sci. 5:584. doi: 10.3389/fpls.2014.00584.

aaron.velez@comunidad.unam.mx

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LÍNEAS DE INVESTIGACIÓN

Desarrollo y utilización de tecnologías fenómicas.
Regulación de la fotosíntesis a nivel genético y ambiental.
Estudio del efecto del ambiente sobre la calidad y rendimiento de productos hortícolas

FORMACIÓN ACADÉMICA

Posdoctorado (Desarrollo de Tecnología Fenomica de Plantas para la Estación Espacial Internacional), Universidad de Gante.
Doctorado en Ciencias Vegetales por la Universidad de Wageningen.
Maestría en Ciencias Vegetales con Especialidad en Horticultura de Invernaderos por la Universidad de Wageningen.
Licenciatura en Biología, FES Iztacala, UNAM

PROYECTOS O
PARTICIPACIONES ACTUALES

Desarrollo de tecnología para medir la eficiencia cuántica de la fotosíntesis.
Desarrollo de algoritmos de inteligencia artificial para el control de invernaderos de alta tecnología.

PREMIOS Y DISTINCIONES

Medalla Gabino Barreda al Mérito Universitario, UNAM
Premio Hugo de Vries a la mejor tesis doctoral en Los Países Bajos otorgada por la Real sociedad Botánica Neerlandesa
Miembro del Sistema Nacional de investigadores, nivel I

ARTÍCULOS PUBLICADOS
RECIENTEMENTE

A. I. Velez Ramirez, N. Carreno-Quintero, D. Vreugdenhil, F. F. Millenaar, W. van Ieperen, Sucrose and Starch Content Negatively Correlates with PSII Maximum Quantum Efficiency in Tomato (Solanum lycopersicum) Exposed to Abnormal Light/Dark Cycles and Continuous Light. Plant Cell Physiol. 58, 1339–1349 (2017).
A. I. Velez-Ramirez, G. Dünner-Planella, D. Vreugdenhil, F. F. Millenaar, W. Van Ieperen, On the induction of injury in tomato under continuous light: circadian asynchrony as the main triggering factor. Funct. Plant Biol. 44, 597–611 (2017).
A. I. Velez Ramirez, W. van Ieperen, D. Vreugdenhil, F. F. Millenaar, Continuous-light-tolerance in tomato is graft-transferable. Planta. 241, 285–290 (2015).
A. I. Velez-Ramirez et al., A single locus confers tolerance to continuous light and allows substantial yield increase in tomato. Nat. Commun. 5, 4549 (2014).
A. I. Velez-Ramirez, W. Van Ieperen, D. Vreugdenhil, F. F. Millenaar, Plants under continuous light. Trends Plant Sci. 16, 310–318 (2011).